1981年12月10日山西省人民政府第37次常务会议决定同意建立“山西大学黄土高原地理研究所”。

1982年3月山西大学黄土高原地理研究所筹备组成立，张维邦同志为筹备组负责人。1982年7月我所迎来第一批大学毕业生，科研工作随即展开。

1984年11月山西大学任命张保德同志为我所党支部书记（正处级），张维邦同志为我所第一任所长。

1982年至1985年，主持完成若干项省级研究课题。

1986年至2000年，先后主持或合作主持国家“七五”、“八五”和“九五”科技攻关项目的专题研究工作。

1991年成为区域地理学（即现在的自然地理学）硕士学位授权点。

1993年“黄土高原综合治理定位实验研究”获国家科技进步一等奖。

1993年11月山西大学任命张金屯同志为我所第二任所长。

1996年“山西大学黄土高原地理研究所”更名为“山西大学黄土高原研究所”。

2000年同时成为生态学硕士学位和博士学位授权点。

2004年1月山西大学任命王孟本同志为我所第三任所长。

2010年3月山西大学任命刘勇同志为我所现任所长。

2011年8月被批准为生态学一级学科授权点。

2012年10月经人事部批准为生态学博士后流动站。

2013年生态学被批准为“山西省特色重点学科”。

2016年10月成为绿色发展研究中心山西省人文社科重点研究基地。

2018年9月年获山西省高等学校“服务产业创新学科群建设计划”（土壤污染生态修复学科群）支持。

2018年11月获批黄土高原生态恢复山西省重点实验室。

2018年12月生态学成为山西省重点学科。

2019年成立山西亚高山草地生态系统教育部野外科学观测研究站。

2022年7月8日，我校聘任马克明研究员为黄土高原研究所学术所长。